海洋地球物理調查一般都是將探測聲納儀器方在海水面附近做遠距離的海床探查，其最大的缺點是探測船隻本身可能產生的雜訊(含激起的氣泡)會嚴重干擾影響收集資料的品質，降低資料分析效果，且遠距離探測的訊號也相對衰減嚴重。利用深拖系統儀器可大大降低這些效應的干擾，增加資料的品質。本所擁有的側掃聲納系統包含深拖側掃聲納(side scan sonar)、底質剖面儀解析能力。此系統是屬於2400-DSS，其中側掃聲納頻率範圍120/410kHz，解析度:1.9~6.25cm；底質剖面儀其頻率範圍介於1~6Khz，解析度：15~25cm，搭配5000公尺的纜線可以進行海床高精密資料蒐集，以了解海床上及海床下地質及地物特性。

側掃聲納系統用途：

• 提供海底地貌影像。
• 電查研究海底地貌、海底地電纜、管線鋪設。
• 監測海底特殊障礙物(如礁石、人工魚礁、沈船等)。
• 地質剖面儀用同
• 觀察海底火山地形，提供高解析海底地層剖面影像。
• 海洋考古、海洋環境調查。
• 海底管線鋪設及海底崩移調查。
• 磁力儀用途
• 偵測海床下高鐵磁性物質。
• 分析磁力異常現象以幫助了解構造特性。